Pour clôturer mon Master 2 en Mathématiques et Informatique appliquées aux Sciences Humaines et Sociales de l’Université de Montpellier, j’ai l’opportunité de faire un stage à ELISOL environnement de mars à août 2025. Les objectifs de ce stage sont multiples et s’intègrent dans le cadre du projet SANCIA (France 2030) qui fait appel à des méthodes informatiques d’analyse d’images pour automatiser les analyses de la nématofaune.
En effet les nématodes sont de précieux bio-indicateurs et les analyses de leurs communautés (analyses de la nématofaune) permettent d’évaluer l’état d’un sol afin de pouvoir ensuite mener les actions appropriées pour assurer son bon fonctionnement. Ce type d’analyses nécessite une expertise longue à acquérir (taxonomie des nématodes) et un temps considérable pour les réaliser, c’est pourquoi l’automatisation de cette tâche analytique est un besoin crucial pour le développement des activités d’ELISOL.
Fort heureusement, des techniques récentes en Deep Learning permettent de répondre à ce besoin d’optimisation avec une grande précision, à condition d’être bien calibrées. C’est alors que j’interviens pour aider à développer les modèles qui satisfassent aux exigences de performances de l’entreprise. Il s’agit d’un vrai challenge incarné par la spécificité des nématodes ainsi que des images en microscopie parfois remplies de fibres qui se confondent avec les nématodes. Avant d’apprendre à des modèles à les repérer, il a déjà fallu que j’apprenne moi-même à les différencier ce qui ne fut pas chose aisée…
L’équipe d’ELISOL est cependant là pour m’aider et m’encadrer et je l’en remercie. J’enrichis mes connaissances en biologie et sur la nématofaune qui m’était jusqu’alors inconnue tout en essayant d’apporter une expertise plus informatique. Cela rend le stage encore plus intéressant en permettant de faire coexister ces mondes, j’espère avoir l’occasion de mêler recherche et techniques avancées au service de l’entreprise.
